El más grande, magnífico, en el altar mayor del templo, es de Francisco Ricci (1608 - 1685), que pintaba en la Corte en 1655, año en que está datado. Representa a santa María, rodeada de ángeles, y acompañada por san Francisco y san Felipe, apóstol, (en honor a Felipe IV que encargó este hermoso lienzo). El más antiguo, a la derecha según se entra, es de Bartolomé González (1564 - 1627).

Dentro de la iglesia, el visitante puede rendir culto y oración rodeado de magníficas obras de arte. Entre ellas destacan autores como Lucas Jordán (1632 - 1704), Francisco Ignacio Ruiz de la Iglesia (1674 - 1704), Antivedutto della Gramática (1571 - 1626), Alonso del Arco (1635 - 1704), Martín de Vos (1536 - 1603), etc...

Así mismo encontramos varias imágenes. La del Santo Cristo, joya que guarda este lugar desde marzo de 1615; la de la Divina Pastora (Advocación típicamente capuchina), obra de Mariano Bellver (1817 - 1876); y un Cristo Crucificado.